PubMed数据库检索.ppt

1、PubMed数据库检索石金,PubMed数据库检索,PubMed及NCBI相关数据库 认识PubMed PubMed检索方法 PubMed定题推送服务,PubMed及相关数据库,NCBI(National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心) NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是National Institutes of Health（NIH）底下的Nationa

2、l Library of Medicine（NLM）的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验，且因它是NIH的单位，因此可执行计算分子生物计划。NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。 NCBI成立的主要任务为： 提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言-DNA在健康与疾病中所扮演的角色 发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程， 包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递与管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生物重要分子的结构与功能。,可检索的数据库,Books

3、 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据 Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据 Gene，包含许多物种的基因数据库 Genome，包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值

4、结果数据 GEO Profiles，基因表现图谱 HomoloGene，同源基因批注数据库 Journals，期刊文献（包含PubMed） MeSH，医学主题词数据库 NCBI Web Site，所有NCBI网页 NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录 Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）,可检索的数据库,Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库 PopSet，族群演化分析相关研究资料 Prote

5、in sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料） PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料 PubChem Compound，小分子化学物质结构 PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据 PubMed，科学文献报导数据库 PubMed Central，科学文献数字全文数据库 Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTP SNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP) Structure，分子模型数据(MMDB) Tax

6、onomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 UniGene，人类unique基因序列数据库 UniSTS，unique序列卷标地址数据库,/pubmed,常用工具,Welcome to PubMed,使用帮助,更多服务,检索词输入框,认识PubMed,出处SO,篇名TI,作者AU,文献类型(状态),Summary,结果筛选,检索提示,调整显示设置 可改变显示模 式，显示数量 及检索结果排 序,显示摘要,显示数量,排序模式,在摘要显示模 式下可以看到 详细的文献信 息,作者地址,文献摘要,文献作者,文献篇名,全文链接,非英文的文献 篇名上有中括 号 且注

7、明 有语种,英文文献,土耳其语, 篇名 ,英文文献,电子优先即最 新文献，一般 比印刷出版提 前三个月以上,电子优先,2009年5月,2008年9月,PubMed检索方法,PubMed基本检索 PubMed高级检索 PubMed主题检索 临床查询检索,PubMed基本检索,在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式，这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。 例如：检索肿瘤 (cancer)方面的文章。 在检索框中输入：“cancer”，再点击“Go”按钮。 PubMed将自动地利用它的“

8、自动词汇匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索，比如，检索“cancer” 将自动转换为：neoplasmsMeSH Terms OR neoplasmsAll Fields OR cancerAll Fields,自由词检索时 PubMed自动 将不规范的词 转换成规范的 词进行检索,自动词汇转换,PubMed基本检索,布尔逻辑组合 检索，常用的 逻辑关系词有 AND，OR， NOT等,逻辑与（AND） -检出记录中同时含有检索词A和检索词B. 如：A AND B,逻辑非（NOT） -在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。 如：A NO

9、T B,逻辑或（OR） -检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。 如：A OR B,PubMed基本检索,作者姓名检索 按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smith ja或jones k, 系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一般用缩写。 考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：smith j将检索成smith ja, smith jb, smith jr 等。 精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者字段限定AU，如：smith jau，这样可避免PubMe

10、d自动转换，实现精确查找。,PubMed基本检索,作者姓名检索 按照姓(全写) +名(缩写)， 之间不用标点 键入作者姓名,smith j,PubMed基本检索,精确检索避免 PubMed自动 词汇转换，实 现精确查找,smith jau,PubMed基本检索,期刊检索 在检索框中键入期刊名，如：molecular biology of the cell，系统的“自动词语匹配”功能会将它转换成mol biol celljournal进行检索。 也可以直接输入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol biol cell，或者是输入刊物的ISSN（国际标准出版物代码）进行检索，如：1059-1

11、524。 如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：cancer， science，cell等，PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，即在杂志名后面加TA。如：cellta,PubMed基本检索,期刊的一般检 索，是在检索 输入框中键入 期刊名或期刊 的ISSN号,Eur J Immunol,PubMed基本检索,期刊的标准检 索，是在期刊 名后面加字段 限定TA. 比 如:cellta,cellta,PubMed基本检索,期刊数据库在 PubMed首页 导航栏的右下 角部分,期刊数据库,PubMed基本检索,截词检索 截词检索的作用

12、：扩大检索范围，提高查全率。 截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索。 如：bacter*，可以检出bacter，bacteria， bacteriophage ，bacterium，等最多600个单词。,PubMed基本检索,截词检索可以 扩大检索范围 提高查全率。,bacter*TI,PubMed基本检索,字段限制检索 采用字段限制方式进行检索，其规则是： 检索词1字段标识 逻辑运算符 检索词2字段标识 如：查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面的文献. DNAmh AND crickau AND 1993dp,PubMed基本检

13、索,字段限制检索 其规则是：检 索词+字段 标识,DNAmh AND crickau AND 1993dp,PubMed基本检索,常用检索字段描述和标识 Titleti：篇名字段 Abstractab：摘要字段 Affiliation ad：著者地址字段。 Author nameau：文章的作者，检索格式：姓+名。如：smith jaau Journal titleta：期刊名称。如：cellta Languagela：论文出版语种。语种检索时可只输入前3个字母，如：chila=chinesela；Englishlang=engla 比如：检索文章题目中含有高血压的中文文献 检索式:hyper

14、tensionti AND chila,PubMed基本检索,hypertensionti AND chila,检索文章题目 中含有高血压 的中文文献,PubMed基本检索,常用检索字段描述和标识 Publication datedp: 出版日期。 日期检索的形式为：YYYY/MM/DDDP 检索一段时期内的文章，日期之间可以加冒号，如： 1993/01:1995/06DP Publication typept: 出版类型。有综述，新闻，传记，临床试验等。 如：reviewpt MeSH termsmh：主题词字段。如：hypertensionmh Subheadingssh: 副主题词。与主

15、题词组配检索. 比如：检索1995年到1996年出版的关于高血压方面的综述性文献 hypertensionmh AND 1995/01:1996/12DP AND reviewpt,PubMed基本检索,检索 1995 年 到 1996 年出 版的关于高血 压方面的综述 性文献,hypertensionmh AND 1995/01:1996/12DP AND reviewpt,PubMed基本检索,强制检索功能 PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。 如：在PubMed主页的检索提问框中键入“single cell”，并用双引号引起来。点击“GO”按钮，系统会将其作为一个不可分割的

16、词组在数据库的全部字段中进行检索。 如果不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成2个词：single和cell检索，其检索表达式为：single AND cell. 很明显这样的检索结果是不符合要求的。,PubMed基本检索,强制检索,普通检索,single cell,single cell,PubMed基本检索,PubMed高级检索,PubMed高级检索,检索详情,检索史,高级检索界面 下可以看到明 细栏，预览， 检索史，限定 和组合检索等,医学主题词表数据库(MeSH Database) 利用主题词进行检索 方法: 1、点击主页右下角的MeSH Database进入主题词检索界面； 2、

17、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词； 3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词； 4、选择合适的主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览窗口； 5、点击Search PubMed将显示检索结果。,PubMed主题词检索,主题词数据库 在PubMed首 页导航栏的右 下角,主题词数据库,PubMed主题检索,将检索词添加 到检索表达式 浏览窗口,选择副主题词,PubMed主题检索,主题词检索是 在有主题标引 的Medline数 据库中检索,主题词检索结果,PubMed主题检索,普通词不是规 范化的主题词 检索结果相关 度低,普通

18、词检索结果,PubMed主题检索,注意：MeSH检索的不足,人工标引费时，最新论文还未标MeSH词（ In Process），用MeSH会漏检。 Medline不收录的文献，Supplied by publisher的文献，不标MeSH词。 新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。 查上述类型的文献需结合自由词检索,检索举例,试在PubMed中检索有关“更昔洛韦用于防治器官移植后巨细胞病毒感染”的文献。（查准） 1. 课题分析： 更昔洛韦（ganciclovir）+器官移植（organ transplantation）+巨细胞病毒感染（cytomegalovirus infection） 2.

19、初步检索策略： ganciclovirMeSH AND organ transplantation mesh AND cytomegalovirus infectionsmesh,3. 使用副主题词进一步提高查准率。 (ganciclovir/administration and dosageMeSH) OR(ganciclovir/therapeutic useMeSH) AND organ transplantationmesh AND (cytomegalovirus infections/drug therapymesh OR cytomegalovirus infections/prevention and controlmesh),4. 使用主要主题词限定 (organ transplantationmajr) AND (cytomegalovirus infections/drug therapymajr OR cytomegalovirus infections/prevention and controlmajr) AND (ganciclovir/administration and dosagemajr OR ganciclovir/therapeutic usemajr),临床查询检索,“Cl