shell提供领先基因组学解决方案

组学解决方提组学解决方ProvidingAdvancedGenomic 1Linux与32 变32流程控

4例子4 直接在命令行上测试;一旦找到适当语法,将其放入独立 设置可执行权限后,可以直接使用该 连接linuxloginas:rna

sshrna@192.168.48.100提供领先 组学解决方ProvidingAdvancedGenomic 命简单命who|wc–lcat>test.shwho|wc–lod+x

编写规基本元 cat>find.sh#!/bin/shwho|grep$1这是一个位置变量

所以cat也是可以od+x./find.sh ./find.sh./find.shecho输出echo

a=pleaseb=enterc=yourd=nameprintf输出printfechog=“$a$b$c$d”echo$g

printf$fprintf$0$1$2$3$9vitest.shecho“Thisisscriptname:$0”echo“Thisisfirstparameter:$1”echo“parametersnumber:$#”shtest.shonetwo$#传递 可超过9个 echo“$aecho反引号：执行系统命令，赋给变量，$()a=`ls*`echo

条件测 test-rtest.shecho$?[condition[-rtest.sh]echo$?[-rtest.sh-a-wtest.sh]echo$?[!-rtest.sh

ao测试字符==两个字符串相!=两个字符串不-z空-n非空-eq数值相等-ne数值不相等-gt第一个数大于第二个数-lt第一个数小于第二个

[3-gt2-a o’== o’];echo-le第一个数小于等于第二个-ge第一个数大于等于第二个流程控制：ifthenifcondition;

$1在此语句中代表变量，具体变量需elifcondition;

另外一个条定

我们在执行是具体定义如shtest.shif[!-e"study"];thenmkdirstudy！是非的意思，-e是存

ifgrep$1/etc/passwd>/dev/null;thenecho"grep\"$1\"success"echo"grep\"$1\" fi如果在终端中不输入的话，则不会运行输出果。这是作为一个终止符流程控制：ifthenecho-n"Enteryourloginname:"readNAMEif[-z$NAME]||["$NAME"=""];thenecho"Youdidnotenteraname"elif["$NAME"="root"];thenecho oelif["$NAME"=“rna"];thenecho" orna"echo“YouarenotrootorrnabutHicasevaluein

echo-n"Doyouwishtoproceed[y..n]:"readANScase$ANSinecho"yesisecho"nois

echo“$0:Unknownforvarinlistforiin12345echo$i

forfilein`ls$PWD`echo$filewhilecommandwhilereadLineecho$Linedone<$file

while[$count-lt5]count=`expr$count+1`echo$count

正则匹 匹配任何字符(换行符除外)

1-5sed–e‘s///g’‘//d’‘1,5s///g’filesed–i‘s///g’file

e批量修-i-e示例:sed'1,5s/\t/:/g'sed_sample.xls sed-i'1d'test1.xlsawk命awk'{pattern+action}'awk命令awk–F<s>’<action>command’scommandprint$awk'/chr16/{printFNR}'RNT_vs_RNC.isoform.xls|less369简单示awk+actionwho|awk'{printwho|awk-F'''BEGIN{print"name\ttime"}{print$1"\t"$3}END{printwho|awkwho|awk'/rna/{printawk命令-内置变awk命令简单应查看每一行的列$awk-F'\t''{printNR":"NF}'sed_sample.xls$awk'/ENSRNOT00000058031/'简单应提取特定的列，比如所有正在登录的用户$awk-F:'/home/{print$6}'$awk-F:'/home/{print$6}'/etc/passwd|awk-F/'{print根据某一列的条件进行筛$awk-F"\t"'{if($9<=0.05)print$0}'$awk'NR>100&&NR<200'gtf件中第三列不exon函含substr(s,函含substr(s,返回字符串s中从p开始的后缀部substr(s,p,返回字符串s中从p开始长度为n的后缀部返回s