如何应用经典检索工具Pub.ppt

问题的提出?,查找南方医院侯凡凡教授2006年发表于NEJM 354卷2期上关于苯那普利(benazepril)临床应用的那篇文献及其相关信息。 了解国外2000年以来有关“血管紧张素1-7 (angiotensin 1-7)对心血管系统(Cardiovascular System)作用”的文献,子宫内膜异位症（Endometriosis, EM）诱导因素的研究进展及其相关问题 近年来有关其诱导因素哪些是研究热点？ 哪些具有现实意义? 哪些与先进学说（分子生物学、遗传学、生化）和技术（细胞纯度分析）有关？,问题的提出?,PubMed网址, /PubMed,与其它数据库资源不同，为全免费系统,欲通过PubMed查找“利用抗生素（antibiotics）治疗耳痛（earache） ”主题的文献，应如何进行操作？,基本检索提问框,特征栏提供辅助 检索功能,侧栏提供其他检索如期刊数据库检索、主题词数据库检索、特定文献检索,执行检索,利用PubMed您可以干什么？,查找某一主题的文献：标准（默认）检索、主题词检索以及文本词检索方式； 查找某一作者撰写的文献：Zhong SZ； 查找某一期刊发表的文献：Journal of Southern Medical University；,利用PubMed您可以干什么？,查找某一篇特定文献： Single Citation Matcher； 查找某疾病的临床相关信息：Clinical Queries； 定期获取预设的主题信息：My NCBI； 与NCBI其它资源的链接信息。,教学目标,找出标准检索、字段限定和主题词检索方式查找文献信息的区别与联系； 学会将筛选出的文献，按常用格式进行显示、存盘、打印、EMAIL发送等输出操作； 掌握检索结果扩大或缩小的调整方法以及检索式的保存方式等。 熟悉常用功能按钮的使用； 熟悉全文获取的方式。,PubMed,概况 检索方式选择* 检索条件限制 检索结果处理*：显示 、输出 检索式浏览与保存*：个性化或定题服务 全文获取技巧* PubMed特点分析,概况,免费使用，是查找众多与健康医学主题密切相关信息的优秀数据库系统； 1997年6月26日，美国副总统戈尔宣布免费开放； 文摘型数据库，但能提供部分文献的全文链接信息（如PubMed Central和其他网站上的免费全文链接）；,数据来自包括美国在内的70多个国家出版的约4,900多种生物医学期刊； 记录从1950年至今已超过1700多万条；,数据周二至周六每天更新, 包括 MEDLINE(mid-1960s)、OLDMEDLINE(1950-1965)以及PREMEDLINE中的 Medline references in process 和 references supplied by publishers。,MEDLINE数据库是美国国立医学图书馆的重要书目数据库系统,覆盖医学、护理、牙科、兽医、卫生保健等学科。,PubMed提供的结果,文献题录或摘要信息； 文献免费或收费全文链接信息。,检索方式选择,主题检索(Subject Search)* 作者检索(Author Search) * 期刊检索(Journal Search) 截词检索(Truncation) 词组检索(Phrase Search) 单个引文匹配器(Single Citation Matcher) * 临床信息查询(Clinical Queries) 相关文献(Related articles),主题检索,标准检索(Standard Search)：默认的智能检索方式 文本词检索(Text Word)：字段限定 主题词检索(MeSH Database),标准检索提问框 (The standard search box ),检索词：逻辑式、叙述性语句、实质意义词； 作者名：查找2002年以前文献需采用姓全称、名缩写方式，如：Zhong SZ； 刊物名：全称、简称、ISSN号。,布尔逻辑运算符(大写),OR,AND,NOT,Otitis media AND antibiotics,Otitis media OR antibiotics,Otitis media NOT antibiotics,在PubMed中, 逻辑运算遵循从左到右的次序：,antibiotics AND (earache OR otitis),不同于,antibiotics AND earache OR otitis,PubMed检索结果页面,链接图标(Icon links),表示是否有文摘或免费全文。,输词方式: earache TW 此外，利用*截词功能也将只运行文本词检索。,文本词检索(Text Word),PubMed记录字段说明,文摘 第一著者单位地址 出版商提供文献识别号 著者群 版权说明 参考评论文献 合著者 文献参考评论 定稿版 校样版 输入日期 输入完成日期 电子出版日期,电子出版日期 文献出版日期 数据加入PubMed日期 文献勘误 参考文献勘误 全部著者姓名 全部调研者姓名 作为文章主题的著者全称 文献相关注释 基金编号 基因符号 期编号 资助调研者 资助调研单位 国际标准期刊号 美国立医学图书馆识别号 期刊全称,最后修订日期 规范词表词 规范词确立日期 系统组织的文摘 版权拥有者 题录提供机构的识别号 病史相关与原始记录 其他关键词 提供其他关键词的机构 数据提供者机构 文章总页数 出版商提供数据时间 期刊出版国 数据库文献编号,作为主题词的个人姓名 出版状态 文献类型 出版模式（纸张或电子） 参考文献数 已撤回的文献 酶或化学物质代码 正在撤消中的文章 初版文献 修订和再版的文章 子专题文档 太空署提供的数据 二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号 原文来源 引用了病例的文献内部处理代码 标准期刊缩写 文献标题 翻译标题 更新文献 文献正在更新 期刊卷号,利用标题ti字段限定方式查找维生素C(vitamin c)与感冒(common cold)主题的文献。,查找标题中含有acupuncture 一词且2000年出版的文献。,MeSH:Medical Subject Headings； 医学主题词(MeSH)是由标引员为所有的PubMed 记录所指定的词； 标引员使用能恰当描述文章内容的最相关MeSH词； 通常一篇文章可有几个MeSH词。,主题词检索(MeSH Database),主要标题词(Major Topic),当标引员为一篇文章确定MeSH词的同时，通常要进一步分析它为文章的主要论点还是次要论点； 限制检出文献量的一种方法是将检索限制在major MeSH字段，这意味着检出文献虽少但内容更相关。,PubMed能自动地为输入的检索词寻找相应的MeSH词； 用户利用一个MeSH词能找出所有含有该主题的文献； 多数MeSH词还包括副主题词(subheadings)。,副主题词 (MeSH Subheadings),一个MeSH词的某特定方面,如: cost-effectiveness 或 adverse effects 用户可根据课题内容挑选专门的副主题词。 这些副主题词不仅适用于用户输入的MeSH词，而且还适用于该MeSH词的其它下位词。,MeSH词优点,不同拼写: paediatric/pediatric； 同义词: tumor, tumour, cancer,neoplasm； 同音异义词: depression； 排除不相关的文献；,MeSH词独有特征,扩展(EXPLODE)：选择MeSH词及其更加专指的下位词检索。 主要标题词(MAJOR TOPIC): MeSH词为文章的主要研究内容 (*)。 副主题词(SUBHEADINGS),MEDLINE - MeSH Headings,举例：通过MeSH查找“利用抗生素(antibiotics)治疗耳痛(earache)”主题的文献,利用MeSH数据库构建讨论 economics of community-acquired pneumonia主题文献。,作者检索(Author Search),用于查找某一特定作者撰写的文献。 格式为作者姓全称在前、名缩写在后，如 SMITH BJ。 利用作者全称可检索2002年以来出版的文献，但采用第一作者进行检索时，需用传统的名字书写方式。,检索词后加上作者字段标识符，如FOOT AU，则系统只在作者字段进行检索。 利用History 功能可将作者字段检索与其它检索词进行组配。,期刊检索(Journals Database),用于查找某特定期刊中的文献。 可输入刊名全称、MEDLINE简称或期刊的 ISSN号，如： MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL(full name) MOL BIOL CELL(abbreviation)。,如若在检索词后加上期刊的字段名，则系统只在该字段进行检索，如 CHEST TA, BLOOD TA 等。,利用期刊数据库（Journals Database）查看PubMed是否收录了期刊 Protein Science。 若是，从Journals Database 对该刊进行检索。,截词(Truncation),PubMed中的截词符是“*”，用于查找具有相同词根的词(150)，如输入cell*会查出文章中包含有cell, celliferous, cellophane, cells, cellular等内容文献。 注意：使用截词功能后，将关闭MeSH自动扩展及检索词匹配功能。,词组检索(Phrase Searching),需使用引号标记词组 “.” , 如： “glue ear” 。 由于词组检索将关闭自动匹配和MeSH扩展功能，检索时将不包含更加专指的词即下位词。,单个引文匹配器 （Single Citation Matcher）,用于查找著录信息不全的文献； 用户可通过对刊名、出版年、卷号、期号、首页、作者名等组配方式查找某特定文献；,作者与期刊检索字段提供有名称自动匹配功能； 利用第一作者方式检索时姓名不能采用全称形式； 需注意的是许多期刊不在MEDLINE收录范围之列(4,900种)。,查找南方医院侯凡凡教授2006年发表于New England Journal of Medicine354卷2期上关于苯那普利(benazepril)临床应用的那篇文献及其相关信息。,通过PubMed的Single Citation Matcher和下列信息查找相关文献: (1) Arthritis Rheum, 1982年, 1271页 (2) V. Lee, Biochemical Pharmacology, 29卷, 14期 (3) “A powder formulation of measles vaccine for aerosol delivery“,PubMed提供了根据预先设计好的检索策略而建立的嵌入式过滤器（Clinical Queries）；,临床信息查询 (Clinical Queries),其中的Clinical Queries using Research Methodology Filters提供有四种研究类型（therapy, diagnosis, etiology, prognosis）和二种检索强调（sensitivity and specificity）选择。,Sensitivity 扩大检索, 虽能使相关的文献量增加，但也会包含一些不相关文献; Specificity 缩小检索, 虽能排除不相关文献，但也会漏掉相关的文献。,能提供由PubMed收录的生物医学期刊发表的生物领域系统评价及其它类型研究； 比其它的循证医学资源汇集的要多，但未能对同一标题不同综述的质量进行单独评价和比较评估，文摘通常由作者或期刊提供。,系统评价(Systematic Reviews),另一种检索方式是将 AND systematicsb 与检索词组配。 sb表示将检索限定在PubMed含有系统评价的子集中。 该种检索方式比Clinical Queries 的sensitivity 或specificity特异性高。,查找有关“皮质类固醇（corticosteroids）治疗早产儿（Infant, premature）的系统评价”。,Medical Genetics,查找医学遗传学各主题方面的文献信息。,专科信息查找(Special Queries),提供特定标题（topic-specific）的PubMed检索需求指引，提供快速检索的入口。,相关文献(Related Articles),PubMed通过分析篇名、文摘及MeSH字段中出现词的权重值来筛选PubMed中与已查出文献相似的信息； PubMed将产生一系列以某一文献为起始的相关文献 ，且其总列在首位。,用户利用Display下拉式菜单中的Related Articles，可找出与当前屏幕中显示内容相关的所有文献。,检索条件限制 (Limits),作者限定,添加作者姓名输入框,清除限定,期刊限定,作者姓名索引选词,多作者逻辑匹配选项,全文、免费全文、摘要限定,日期限定,出版日期限定,入库日期限定,研究对象 人/动物限定,研究对象性别限定,语种限定,子文档限定,文献类型限定,研究对象年龄限定,检索字段限定,执行检索,清除所有限定,请找出2005年以来标题/摘要(Title/Abstract)字段含有 “Baby walkers”主题的文献。,2000年以来麻疹爆发（Measles outbreak）统计学（statistics）方面的免费英文文献。,检索结果处理,检索结果的处理,结果显示：Summary、Abstract、 AbstractPlus、Citation、MEDLINE 结果输出(Output)：检索结果的长期保存 (Send to File & My NCBI Collections )、多次检索结果的一次性暂时保存(Saving from multiple searches)、检索结果打印(Print)、检索结果邮件发送(Email)。,检索结果显示 (Display Results),检索结果通常以Summary 格式显示，包含基本的引文信息: author(s) article title abbreviated journal title publication details a PubMed Identification number stage of indexing,Summary Display,Abstract Display,包含全部引文信息: 题录+文摘 (若有). 如若可能，还包含全文链接按钮(icons for full text article retrieval)以及出版物类型(Publication type(s) 。,在Abstract格式基础上增加了前5条相关文献的信息。,AbstractPuls Display,Citation Display,在文摘格式基础上还包含有标引信息，如MeSH词、化学物质名(Substances)等。,MEDLINE Display,用两个字母作为字段标识符显示引文信息，主要用于书目型数据库的管理，如EndNote, Reference Manager和Papyrus etc, 不包括全文链接按钮。,文献全文链接按钮,PubMed在 Abstract、AbstractPlus和Citation 三种显示格式中提供全文链接按扭。,检出文献显示设定(Show),每屏默认显示值是20。,检索结果输出(Output),通过点击各篇文献左边的复选框选择文献，以进行显示、存盘及打印操作(出现一个)； 选择文献后再点击Display按钮，则屏幕只显示被选中的文献。,检索结果打印(Print),通过“Text”功能实现文本格式的转换； 修改每页显示的文献量(最多500条),从而一次性打印所有选定的记录； 点击Send to 按钮浏览并打印所有选定文献的纯文本格式，而无需打印PubMed边框。,检索结果的长期保存 (Save References),选择Send to下拉式菜单中的 File功能； 可保存那些选中的文献； 用户可保存多至10,000 条的文献。,对多次检索结果进行一次性暂时保存 (Saving from Multiple Searches ),选择Send to下的剪帖板(Clipboard)； 用户可将从多次检索操作中获得的多至500条记录放到 Clipboard中； 如若浏览选中的文献, 点击位于检索提问框下的Clipboard。,从检索结果中筛选出的所需文献，在去掉重复部分后，会形成一个特定数据集。,点击下拉式菜单中的 Clip Remove。,清空 Clipboard,My NCBI Collections,My NCBI是用户在NLM计算机系统中用于存储检索式的个人使用空间，并对检出文献进行再过滤（filters）； 为使用My NCBI，用户需将其web浏览器设置接受 cookies状态； 需要注册（Registration）； 需先将检索结果发送至Clipboard；,在Clipboard中将所选出的检索结果发送至My NCBI Collections中； 每个用户名下最多能设100个文件夹； 每个文件夹下最多能保存1500条记录; 利用Clipboard方便对一次检索操作中的几个查询课题结果进行打印输出。,My NCBI Collections,检索结果邮件发送(Email),以HTML格式email文件，产生的email将实现与PubMed 数据库的超链接,方便用户进一步查看相同主题的abstracts, related articles和books等。 对大多数用户来说，纯文本格式是他们将检索结果转存至EndNote理想格式。,My NCBI检索结果的过滤 （Filters）,My NCBI中的过滤器Filters提供有不同类型的过滤条件，方便用户对检出的结果按预先设定好的过滤条件进行分类浏览。 用户在任何一个检索结果页面，只要点击屏幕中部的 图标，即可进入Filter选择界面。 需注意用户每次最多只能设定5个过滤条件。,检索式浏览与保存,结果预览与索引词表 (Preview/index) 检索史(History) 检索式匹配(Details) My NCBI 的Save Search,结果预览(Preview),浏览检索式； 组合检索式：可用检索式编号： #1 OR #2,检索预览,检索历史,索引加词检索,索引字顺表(Index),选择限定字段； 输入检索词（词根）； 在字顺表中选择检索词； 选用逻辑算符建立检索式； 点击GO。,步骤3 索引选词,步骤4 确定与检索栏中检索提问的逻辑关系,步骤2 输入待选词,步骤1 点击预览和索引,检索式回顾； 编辑检索式，如：#3 AND child； History 虽有用但也有缺点，停用8小时后PubMed自动将其中的内容删除，所以用户不能用该功能来存储检索式。,检索史(History),检索历史回顾,检索式,检索时间,检出篇数,检索式匹配(Details),显示检索词转换匹配运算详细过程； 用途：转换、确定规范词，如： liver cancer liver neoplasms； 修改检索策略。,检索明细,数据库匹配过程,检索词转换,显示用户输入的检索式,利用URL存储检索式 (Saving Searches Using URL),用户可将检索式存入收藏夹中以方便查看自上一次检索操作以来PubMed新增文献； PubMed将为当前检索式提供一个url地址； PubMed将为收藏夹自动指定一个无效名字(Entrez- PubMed) ； 用户可自行指定一有意义的名字。,My NCBI的 Save Search,每一检索结果页面有Save Search链接，点击后检索式即存于Saved Searches； My NCBI中的Saved Collections可长期保存检索结果；Saved Searches可长期保存检索式； 每个用户名下最多能存储100个检索式。,用户在My NCBI中不能对已存储检索式进行修改，必须删掉旧的，再创建一个新的检索式； 允许用户每月、每周或每天以Email方式接收系统对这些检索式进行自动更新的结果，从而大大方便了用户对课题进行定期检索的需求。,全文获取技巧,利用PubMed获取全文途径有三种：,第一种:检索时进入Limits界面，通过激活Links to free full text或Links to full text选择框，直接查找出带有全文链接的记录；,第二种:在My NCBI的过滤条件Filters中，选择LinkOut下的Miscellaneous中所提供的Free full text、 Full text、Free registration Required或Free resources等过滤条件；,在检索结果页面，将查看到系统按照这些条件对检出的结果进行分组排列情况，进而可集中查看带有全文链接的文献记录；,第三种:对于PubMed中的检出记录，通过点击该记录Links下的LinkOut链接，查看Full Text Sources下排列的电子全文资源，只要有所在局域网已订购的全文数据库，如我校的ScienceDirect、Ovid、Blackwell、ProQest 、EBSCO和SpringerLink等，即可通过PubMed后台操作系统直接获取该记录的全文。,另外，在PubMed检出结果页面，若一条记录在网上有免费全文提供，则在Abstract、AbstractPlus和Citation三种显示格式中，用户也可根据图标指引实现全文链接。,PMC (PubMed Central),生命科学期刊资源中心； 免费提供130多种期刊的30多万篇全文； 不包括PubMed动态免费全文。,PubMed特点分析,可随时查找全球范围内与健康医学主题密切相关的信息； 允许所有Internet用户免费查询； 能采用文本词、主题词、刊名、作者等途径进行检索；,通过强大的链接功能方便用户查找相关主题信息及获取全文信息； 提供检索限制功能(Limits)； 可进行词组与截词检索；,能查找系统收录的某一特定文献； 提供多种结果显示格式； 提供多种结果输出方式；,可保存检索式并查看检索史； 可分类浏览检索结果； 可定期自动更新检索课题； 可获取循证医学信息； 可获取全文索取信息。,Was That Too Much?,下列哪个检索式能用于查找对鸡蛋或花生发生的变态反应（allergies to eggs or peanuts）？ A allergies NOT peanuts AND eggs B (peanuts OR eggs) and all