刘春艳北京大学医学图书馆信息咨询部liucy@libbjmueducn.ppt

刘春艳 北京大学医学图书馆信息咨询部 ,PubMed生物医学数据库检索方法与技巧,主要内容,PubMed概况 PubMed数据来源 PubMed检索机制 PubMed检索运算符 PubMed检索方法 结果的显示、打印、保存 其他辅助功能,1. PubMed概况,创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI) 1997年6月开始向全球开放 特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。,2. PubMed数据来源,MEDLINE： pubmed-indexed for medline In Process Citations：每天收录，尚未经规范处理的数据。pubmed-in process Publisher-Supplied Citations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有PubMed-as supplied by Publisher。,3. PubMed检索机制,自动转换匹配功能 (Automatic Term Mapping) 短语检索 (Phrase Searching),对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是： MeSH表 期刊刊名表 短语表 作者索引 如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。,3.1 自动转换匹配功能,人重组三叶因子（human recombinant trefoil factor）,(“humans“MeSH Terms OR “humans“All Fields OR “human“All Fields) AND recombinantAll Fields AND (“trefoil factor“Supplementary Concept OR “trefoil factor“All Fields),也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“ ”将其引起来。 如：“human recombinant trefoil factor”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。,3.2 短语检索,4. PubMed检索运算符,逻辑运算符,逻辑运算符,逻辑“与”运算AND： 检索式写成A and B，表示文献中同时包含检索词A和检索词B的文献才是命中文献。 leukemia and vincristine 逻辑“或”运算OR： 检索式写成A or B，表示包含检索词A的文献或者包含检索词B的文献或者同时包含检索词A和B的文献为命中文献。 AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome 逻辑“非”运算NOT： 检索式写成A not B，表示包含检索词A同时不包含检索词B的文献为命中文献。 Hepatitis not Animal,IP地址：,PubMed 网址,高级检索,主题检索,限制检索,基本检索,临床咨询,5. PubMed检索方法,5.1 基本检索 5.2 高级检索 5.3 限制检索 5.4 主题检索 5.5 临床咨询,5.1 基本检索,默认检索字段为主题、作者、期刊,关键词、词(词组)或短语： 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer； 带有双引号” ”作为短语检索：“human recombinant trefoil factor”； 带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。 限制检索字段：如liver cancerti 作者：Smith J 、 仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： Smithau 2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索 如：Joshua Lederberg,5.1 基本检索,期刊刊名： 可用期刊全称：GENE THERAPYTA； 可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association) 复杂表达式： leukemia AND vincristine,5.1 基本检索,分析该检索课题，包含两个方面： 长春新碱：vincristine； 白血病：leukemia 两个主题之间的逻辑关系是AND，即 leukemia AND vincristine,基本检索举例：长春新碱治疗白血病,基本检索举例：长春新碱治疗白血病,输入：leukemia AND vincristine,“长春新碱治疗白血病 ”的基本检索结果,5.2 高级检索,高级检索,5.2 高级检索,分析该检索课题，包含两个方面： 作者为：马大龙（ma dl）； 作者单位为： 北京大学（peking university）。,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,第一步：输入作者姓名,输入：ma dl,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,第二步：输入作者单位,输入： peking university,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,5.3 限制检索,限制检索,5.3 限制检索,限制检索或条件检索：Limit (1)文献类型：日期： (2)语种： (3)动物/人类： (4)性别： (5)数据库子集的限定： (6)年龄组： (7)是否带有摘要或全文： (8)字段：,限制日期,限制语种,限制是否带有全文、摘要,限制字段,限制研究 对象,限制性别,限制子集,限制年龄,限制文献类型,分析该课题，可知： 主题为长春新碱治疗白血病， 即leukemia and vincristine 限制条件有两个： 语种为英文（English）； 文献类型为综述（Review）,限制检索举例： 原文为英文的长春新碱治疗白血病方面的综述文献,限制检索举例： 原文为英文的长春新碱治疗白血病方面的综述文献,第1步：输入 leukemia and vincristine,第2步：限制语种为英文（English）,第3步：限制文献类型为综述（Review）,限制检索举例： 原文为英文的长春新碱治疗白血病方面的综述文献,主题为： leukemia and vincristine,限制条件：英文；综述,5.3 主题检索,根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。,点击MeSH Database打开主题检索界面,MEDLINE数据库的叙词有主题词(Headings)和副主题词(Subheadings)两种。另外，每一篇文献的主题词也有主次之分：主要主题词(MJME)描述文献重点讨论的内容；次要主题词(MIME)描述文献一般涉及的问题。 使用控制词表的优点之一，是可以将相似的资源集中在一起，而与各个著者在著述中所使用的词语无关。利用MeSH则可克服同义词上的问题，因此，MeSH检索要比简单的自由文本检索更为精确。,主题词(headings)：,直接、准确表达主题概念的词或词组。每个概念只能用一个主题词表达。 如：肿瘤 cancer Carcinoma Tumor Neoplasm,Neoplasm,副主题词(subheadings)：,副主题词：用于对主题词进一步限定的词或词组。 如：治疗（therapy）、外科学（surgery）、 代谢（metabolism）、 诊断（diagnosis） 主题词与副主题词之间的组配检索，起到对主题词的限定作用，是主题词具有更高的专指性，缩小检索范围，保证检索结果的准确性。 如：白血病的药物治疗 leukemia/drug therapy 但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用，每个副主题词具有一定的专指性，其使用范围仅限于它后面括号内的类目。,TI: Pharmacogenomics of pediatric acute lymphoblastic leukemia. AU: Kofranek,-J; Vu,-L-D; Snaselova,-H; Kerekes,-R; Velan,-T SO: Expert opinion on pharmacotherapy. 2001; 10(Pt 2): 1042-6 AB: Pediatric acute lymphoblastic leukemia (ALL) represents one of the best examples of progress in disease treatment and improved outcome based in part upon the incorporation of the principles of pharmacogenomics. Throughout the past several decades, clinical scientists have continued to refine risk stratification in clinical trials with the understanding that individual.,文献的原始格式,TI: Pharmacogenomics of pediatric acute lymphoblastic leukemia. AU: Kofranek,-J; Vu,-L-D; Snaselova,-H; Kerekes,-R; Velan,-T SO: Expert opinion on pharmacotherapy. 2001; 10(Pt 2): 1042-6 AB: Pediatric acute lymphoblastic leukemia (ALL) represents one of the best examples of progress in disease treatment and improved outcome based in part upon the incorporation of the principles of pharmacogenomics. Throughout the past several decades, clinical scientists have continued to refine risk stratification in clinical trials with the understanding that individual. MH - Cytochrome P-450 CYP3A/genetics MH - Glucocorticoids/therapeutic use MH - Methotrexate/therapeutic use MH - Methyltransferases/genetics MH - Neoplasm, Residual MH - *Pharmacogenetics MH - Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma/*drug therapy/genetics MH - Vincristine/therapeutic use,文献的标准化处理之后,MH - Cytochrome P-450 CYP3A/genetics MH - Glucocorticoids/therapeutic use MH - Methotrexate/therapeutic use MH - Methyltransferases/genetics MH - Neoplasm, Residual MH - *Pharmacogenetics MH - Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma/*drug therapy/genetics MH - Vincristine/therapeutic use,高级检索,主题检索,限制检索,基本检索,临床咨询,5.4 主题检索,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,分析该检索课题，有2个概念：长春新碱（Vincristine ） 、白血病（leukemia）： 对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”； 对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。 同时这两个概念之间是AND的关系。,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,副主题词,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献,5.5 临床咨询和系统评价,可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等； 也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。,5.5 临床咨询和系统评价,临床咨询,系统评价,检索医学遗传学研究方面的文献,6. 结果的显示、打印、保存,显示 保存、打印,6.1 结果的显示,显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下4种： （1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。 （2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者